Parmi les mammifères terrestres, les bovins domestiques, et les races laitières en particulier, occupent une place à part au regard de la variabilité génétique. Elles sont en effet soumises, par définition, à deux fortes contraintes qui tendent à réduire cette variabilité : d’une part une taille de population relativement restreinte, et d’autre part une forte pression de sélection. Or le maintien de la variabilité est la condition sine qua non du progrès génétique, mais aussi du potentiel adaptatif racial, et même de la survie…
La génomique, outil à double tranchant
Les données de génotypage permettent une meilleure caractérisation et donc une meilleure gestion de la diversité génétique. Mais utilisé pour réduire le nombre de taureaux ou de candidats à la sélection, ou sélectionner des taureaux plus apparentés que par le passé, cet outil pourrait aussi bien accélérer la perte de diversité génétique, due au raccourcissement important des intervalles de génération…Dans une thèse de doctorat, soutenue en 2020 et s’intéressant à « la diversité génétique à l’ère de la génomique », Anna-Charlotte Doublet s’est penchée sur le cas des trois principales races laitières utilisées en France : la Prim’holstein, la Montbéliarde et la Normande. Elle a ainsi pu évaluer les conséquences des choix des entreprises de sélection sur la diversité génétique.
« Nous avons comparé les estimations de la consanguinité et exploré les changements dans les schémas de sélection qui pourraient expliquer les différences observées entre les races nationales et internationales. La sélection génomique a induit une augmentation du progrès génétique annuel de 50, 71 et 33% pour les taureaux de race Montbéliarde, Normande et Holstein, respectivement, et les intervalles de génération ont été réduits d'un facteur de 1,7, 1,9 et 2, respectivement. Nous n'avons constaté aucun changement significatif du taux de consanguinité annuel pour les deux races nationales, Montbéliarde et Normande, mais une augmentation significative du taux de consanguinité annuel pour la race internationale Holstein », explique la scientifique.
La recherche du bon compromis
La chercheuse pointe alors l’importance de l’appropriation par les éleveurs des enjeux du maintien de la variabilité génétique, afin que leur traduction soit effective dans la mise en œuvre des plans d’accouplement. Avec en arrière-plan le risque de créer des inégalités de traitement, réelles ou perçues comme telles, entre les élevages…« Un élevage pourrait en effet obtenir un très bon progrès génétique au détriment de l’élevage voisin, qui obtiendrait un progrès génétique inférieur à son potentiel, dans le cadre de plans d’accouplement optimisant le progrès et la diversité génétique à l’échelle de la race", conclut la chercheuse.
L’article complet d’Alexandre Coronel est à lire dans le numéro d’octobre de Cultivar Elevage
